گناباد در مانند هر منطقه دیگر در خراسان با ورود اسلام و در طول آن دچار تحولات و فراز و نشیب هایی شد.
در دوره ایلخانی گروهی بر قهستان حکمرانی کردند که عنوانشان مولائیان بود. مرکز قهستان در این دوره گناباد بوده است.